为持续优化学校内部治理体系，不断提升依法治校水平，加快两校区融合发展，结合学校新一轮“双高”建设工作要求，按照学校《关于印发〈黑龙江农垦职业学院2023年工作要点〉的通知》（农垦职院发〔2023〕3号）精神，学校启动了制度的废、改、立工作。为做好此项工作，学校制定并下发了制度体系建设工作实施方案。本方案坚持以合法性原则、科学性原则、可操作性原则、循序渐进性原则为基础，建立了制度体系框架结构，规定了建设任务分工。
制度体系包括学校章程、部门工作职责、岗位职责及各类规章制度。学校章程经过前期反复修订，已经上报省教育厅，待批复。两校实质性合并后，2022年进行了机构设置和调整，目前为过渡性机构，本次制度体系修订暂不进行部门工作职责和岗位职责制定（修订），只进行各类规章制度的制定（修订）。
制度体系框架结构分为党群工作制度、综合管理制度、教育教学管理制度、科研督导管理制度、学生管理制度、招生就业管理制度、人事管理制度、财务管理制度、资产管理制度、安全管理制度、后勤服务管理制度等。
制度建设是学校治理体系建设的重要内容，对提升学院治理能力，加快两校区融合发展，具有重要意义。
