垦区科技工作的指导思想是：
认真贯彻落实2012年全国科技大会精神、“中央1号文件”精神和全省科技工作会议精神，围绕科学发展这个主题和转变发展方式这条主线精心实施“科教兴垦”战略，坚持“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”的指导方针，以市场为导向，以企业为主体，以人才为核心，以增强科技创新能力为根本，以促进农业增产、企业增效、职工增收为主攻方向，以改革为动力，加强科技创新体系建设，努力在重点产业掌握一批核心技术，拥有一批自主知识产权，造就一批科技水平高、市场竞争力强的创新型企业，走出一条具有垦区特色的绿色发展之路。
垦区科技创新工作的总体目标是：
力争到“十二五”末，全垦区科技进步贡献率达到70%，科技成果转化率达到85%，农业、农畜产品加工业及其产业化科技水平，部分进入世界先进行列，科技创新在引领和支撑垦区现代化大农业建设上，尤其是在绿色农业体系、绿色产业体系和绿色城镇体系建设等方面取得新的突破，初步形成分工合理、高效运行的地区科技创新体系，大幅提升垦区综合竞争力。
